Najczęściej występującymi chorobami kosaćca są: plamistość obwódkowa i zasychanie liści kosaćca oraz mokra zgnilizna kłączy kosaćca.

Plamistość obwódkowa i zasychanie liści kosaćca uwidaczniają się na liściach w postaci wodnistożółtawych plam o różnych rozmiarach. Plamy przybierają później barwę żółtobrunatną, najczęściej z ciemnobrunatną obwódką. Często plamy zlewają się pokrywając całą powierzchnię liści i wówczas liście zasychają. Rośliny porażone słabiej kwitną w roku następnym. Chorobie sprzyja deszczowa pogoda oraz brak w glebie wapna i fosforu.

Z chwilą stwierdzenia pierwszych objawów należy rośliny opryskiwać preparatem zalecanym do zwalczania rdzy goździka. Do cieczy roboczej zawsze dodajemy środek zwiększający przyczepność.

Mokra zgnilizna kłączy kosaćca – zaczyna się na szczytowych częściach liści. Szczyty liści zasychają i żółkną. Na pędach i kłączach obserwuje się gnicie. Kłącze zamienia się w żółto-brązową mazistą masę. Rośliny zamierają placami.

Jeżeli wystąpi ta choroba, to należy natychmiast usuwać i najlepiej palić chore rośliny, a zdrowe staranniej pielęgnować i nawozić.