Rolnik gospodarowanie zgodnie z kryteriami rolnictwa ekologicznego rozpoczyna od momentu dokonania na urzędowym formularzu zgłoszenia podjęcia działalności w zakresie rolnictwa ekologicznego w wybranej przez siebie jednostce certyfikującej.

Rozporządzenie Rady (WE) nr 834/2007 nakłada na jednostki certyfikujące obowiązek szacowania ryzyka zanieczyszczenia produktów ekologicznych – zarówno ryzyka pomieszania bądź podmiany produktami konwencjonalnymi, jak i zastosowania środków niedozwolonych w rolnictwie ekologicznym. Konieczne jest zatem wykazanie w „Zgłoszeniu podjęcia działalności w zakresie rolnictwa ekologicznego” wszystkich gruntów, którymi włada rolnik. Rolnik, który prowadzi równolegle produkcję ekologiczną i konwencjonalną, jest zaliczany do grupy podwyższonego ryzyka, a zgodnie z art. 73 Rozporządzenia Rady (WE) nr 889/2008 produkcja konwencjonalna podlega także kontroli. Urzędowym zadaniem jednostek certyfikujących jest kontrola w obszarze prawa żywnościowego, a potwierdzenie powierzchni upraw ekologicznych dla ARiMR stanowi funkcję dodatkową, nie cel główny kontroli jednostek certyfikujących. Należy podkreślić, że od momentu zgłoszenia się producenta do jednostki certyfikującej producent musi prowadzić gospodarstwo zgodnie z wymaganiami Rozporządzenia Rady (WE) nr 834/2007. W okresie przestawiania przeprowadzane są dwie kontrole (co roku jedna) i dopiero po trzeciej kontroli producent może otrzymać certyfikat. W uprawach sadowniczych producent otrzymuje certyfikat jeszcze później, bo po czwartej kontroli. W przypadku nowo zakładanych gospodarstw, jeżeli grunty były wcześniej odłogowane, producenci mają możliwość zwrócić się z wnioskiem do odpowiedniego Wojewódzkiego Inspektora Jakości Handlowej Artykułów Rolno-Spożywczych (IJHARS) o wydanie zgody na odstępstwo od warunków produkcji ekologicznej. Wypełnia się wówczas „Wniosek o uznanie z mocą wsteczną uprzedniego okresu jako części okresu konwersji”. Jeżeli producent przedstawi dowody, że przez ostatnie trzy lata nie były stosowane żadne środki niedozwolone w rolnictwie ekologicznym, a teren przeznaczony pod uprawy stanowią obszary naturalne, gdzie nie były prowadzone żadne działania, to jest duża szansa na otrzymanie takiej zgody i można szybciej uzyskać certyfikat. Kontrola w gospodarstwie jest ważnym momentem zarówno dla inspektora, jak i rolnika. Wtedy wychodzi na jaw, czy rolnik ma przygotowane dokumenty, czy w gospodarstwie wszystko prowadzone jest tak, jak powinno. Trzeba pamiętać, że stan plantacji podczas kontroli wiernie pokaże, jak jest ona prowadzona i potwierdzi, czy zgodnie z regułami rolnictwa ekologicznego. Bardzo istotnym jest to, że charakter obowiązkowych, rocznych kontroli nie może polegać wyłącznie na weryfikacji zastanej u producenta rolnego dokumentacji. Kontrola obejmuje zawsze prowadzoną przez rolnika na polu produkcję rolną, gdyż przede wszystkim na podstawie sytuacji zastanej w gospodarskie można ocenić, czy produkcja ekologiczna jest zgodna z przepisami dotyczącymi rolnictwa ekologicznego. Od 1 stycznia 2014 r. obowiązuje Rozporządzenie wykonawcze Komisji (UE) nr 392/2013 z dnia 29 kwietnia 2013 r. zmieniające rozporządzenie (WE) nr 889/2008 w odniesieniu do systemu kontroli produkcji ekologicznej, które obliguje jednostki certyfikujące do poboru próbek w ilości stanowiącej minimum 5% całkowitej liczby producentów oraz do przeprowadzenia kontroli wyrywkowych, wśród co najmniej 10% producentów. Taki nadzór kontroli wyrywkowych jest prowadzony przez jednostki certyfikujące, jest to nadzór całoroczny, który uwiarygadnia jakość pozyskiwanych produktów od producentów, którzy są objęci systemem kontroli. W celu usprawnienia funkcjonowania systemu rolnictwa ekologicznego w obszarze prowadzenia dokumentacji przez rolników ekologicznych, w Głównym Inspektoracie JHARS na zlecenie Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi przygotowane zostały wzory formularzy rejestrów dotyczących produkcji roślinnej i zwierzęcej, których stosowanie wynika z wymagań określonych w art. 66, 72 lit. d i 76 rozporządzenia Komisji (WE) nr 889/2008. Stosowanie jednolitych formularzy dokumentujących produkcję ekologiczną ułatwia producentom ekologicznym prowadzenie zapisów w zakresie odpowiadającym wymaganiom ww. rozporządzenia, natomiast jednostkom certyfikującym pozwala na sprawniejszą weryfikację dokumentacji w gospodarstwie rolnym. Wzory tychże formularzy są zamieszczone na stronie internetowej www.ijhars.gov.pl w zakładce Rolnictwo ekologiczne -> Wzory rejestrów dla producentów: http://www.ijhars.gov.pl/index.php/wzory-rejestrow-dla-producentow.html.

Kontrola w gospodarstwie ma na celu stwierdzenie, czy rolnik prowadzi produkcję rolną zgodnie z zasadami Rozporządzenia Komisji UE nr 834/2007. Po każdej pozytywnie przeprowadzonej kontroli wydawany jest protokół oraz certyfikat, na którym wpisane są produkty spełniające wymagania rolnictwa ekologicznego. W przypadku niedociągnięć rolnik zobowiązany jest do wdrożenia działań korygujących. Poważna sytuacja staje się wówczas, kiedy podczas kontroli wykazane są niezgodności. Skutkować mogą one zawieszeniem, cofnięciem lub odmową wydania certyfikatu. Certyfikat zawsze wydawany jest na określoną ilość wytworzonego w gospodarstwie produktu w danym roku. Podczas sprzedaży produktów ekologicznych w momencie zbliżania się do limitu ilościowego każdy producent ma możliwość zwiększenia tego limitu poprzez tzw. „rozszerzenie certyfikatu”. W takim przypadku producent rolny powinien do wybranej przez siebie jednostki certyfikującej wystosować wniosek z podaniem uzasadnienia, np. uzyskaniem wyższego plonu niż był wpisany podczas kontroli. Niezmiernie ważny jest termin złożenia pisma o rozszerzenie certyfikatu. Jednostka negatywnie rozpatrzy wnioski o zwiększenie ilości np. truskawek czy malin, jeśli rolnik zwróci się z pismem o rozszerzenie certyfikatu po sezonie zbioru tych owoców. Należy wiedzieć i pamiętać o tym, że sprzedaż większej ilości produktu przez producenta rolnego, niż ma on go potwierdzonego na certyfikacie, skutkuje dla producenta sankcjami ze strony kontrolującej go jednostki certyfikującej. Natomiast firma skupująca, w przypadku zakupu większej ilości surowca od danego producenta rolnego niż ma on w certyfikacie, jest zobowiązana do przekwalifikowania tego surowca na konwencjonalny.