Przestawianie gospodarstwa rolnego na produkcję metodami ekologicznymi reguluje Rozporządzenie Rady WE nr 834/2007 z 28 czerwca 2007 r. w sprawie produkcji ekologicznej i znakowania produktów ekologicznych oraz Rozporządzenie Komisji WE nr 889/2008 z 5 września 2008 r.

Proces przestawiania gospodarstwa jest różny. Dla upraw rocznych wynosi 24 miesiące. Jest to okres poprzedzający wysiew roślin, z których plon będzie już uznany jako ekologiczny (dotyczy to także zbioru pasz z trwałych użytków zielonych). Uprawy wieloletnie, jak sady, chmielniki, winnice czy uprawy jagodowe, podlegają procesowi przestawiania przez 36 miesięcy poprzedzających zbiór uznawany za ekologiczny.

W wyżej wymienionych okresach gospodarstwo rolne podlega co najmniej raz w roku, w terminie uzgodnionym z posiadaczem gospodarstwa, kontroli pełnej (tzw. rocznej) przeprowadzonej przez pracowników Biura Certyfikacji w zakresie realizacji programu przestawiania gospodarstwa na prowadzenie produkcji metodami ekologicznymi.

W przypadku produkcji roślinnej procesowi konwersji podlegają grunty, natomiast w przypadku produkcji zwierzęcej procesowi podlegają zwierzęta. Po 24 miesiącach przestawiania gospodarstwa, zwierzęta oraz ich produkty będące już w gospodarstwie uzyskują status ekologicznych.

Kiedy gospodarstwo jest już ekologiczne, kupowane zwierzęta muszą być z gospodarstw ekologicznych. Jednakże z uwagi na fakt, że takich zwierząt jest mało, prawo dopuszcza zakup pod szczególnymi warunkami z gospodarstw konwencjonalnych.

W czasie trwania całego procesu przestawiania gospodarstwa na ekologiczne, wybrana jednostka certyfikująca przeprowadza kontrole na terenie gospodarstwa. Upoważnione do tego celu osoby z jednostki certyfikującej sprawdzają zarówno sposób prowadzenia produkcji, jak też jakość wytwarzanych produktów. Rolnik ma prawo wyboru jednostki certyfikującej z pośród 11 jednostek działających w Polsce, można również wybrać jednostkę zagraniczną. Kontrola jest umówiona i odbywa się w gospodarstwach raz do roku zarówno w okresie przestawiania, jak i w gospodarstwach już ekologicznych. Poza tym jednostka certyfikująca ma prawo do przeprowadzania niezapowiedzianych kontroli. Kontrole są płatne, a rolnik ma prawo ubiegać się o dofinansowanie kosztów kontroli w ramach programu rolnictwa ekologicznego w ARiMR.

Rolnik, chcący przestawić swoją produkcję na metody ekologiczne, jest zobowiązany zgłosić taką działalność w jednostce certyfikującej, składając zgłoszenie działalności ekologicznej. Wraz ze zgłoszeniem należy złożyć:

• mapki gospodarstwa z naniesionymi działkami,
• wniosek o certyfikację ekologicznego gospodarstwa rolnego,
• kopię wypisów z ewidencji gruntów,
• mapy ewidencyjne działek rolnych,
• umowy dzierżawy na dzierżawione grunty,
• plan gospodarstwa z zaznaczonymi działkami.

Kserokopie wszystkich przesłanych dokumentów powinny znajdować się w dokumentacji rolnika w siedzibie gospodarstwa.

Od momentu rejestracji gospodarstwo objęte jest okresem przestawiania na ekologiczne metody gospodarowania. Producent rolny od tego momentu udostępnia swoje gospodarstwo do kontroli i zobowiązany jest przestrzegać zasad rolnictwa ekologicznego.

Rolnik zamierzający kontynuować działalność w zakresie rolnictwa ekologicznego jest zobowiązany dostarczyć do wyznaczonego przez jednostkę terminu wniosek o certyfikację gospodarstwa i w przypadku zmian danych dotyczących pierwszego zgłoszenia dostarczyć zmienione zgłoszenie podjęcia działalności w rolnictwie ekologicznym (w całości) oraz wypisy z ewidencji gruntów wraz z mapami, które dotyczą tych zmian.

Każdy producent rolny prowadzący uprawę metodami ekologicznymi zobowiązany jest do prowadzenia dokumentacji. Wszystkie jednostki certyfikujące udostępniają rolnikom rejestry działalności ekologicznej w formie tabelarycznej. Tabele zawierają następujące dane:

• ewidencję użycia nawozów lub środków poprawiających właściwości gleby,
• ewidencję użycia środków ochrony roślin,
• ewidencję księgową – zakup środków produkcji,
• ewidencję zbioru,
• ewidencję produktów magazynowanych,
• ewidencję księgową – odbiorców produktów z gospodarstwa,
• ewidencję księgową – rozchodów produkcji w gospodarstwie,
• ewidencję zwierząt przybywających do gospodarstwa,
• ewidencję zwierząt opuszczających gospodarstwo,
• ewidencję zwierząt padłych,
• ewidencję użycia pasz,
• ewidencję leczenia chorób i zapobiegania im oraz opiekę weterynaryjną,
• ewidencję odstępstw uzyskanych z WIJHAR-S i GIJHAR-S oraz decyzji WiORIN.

Do dokumentacji należy załączać faktury VAT, zgody WIORIN, kopie certyfikatów itp. Dokumentację należy przechowywać co najmniej pięć lat.