Objawy porażenia przez patogeny obserwuje się przez cały okres wegetacji rzepaku ozimego, od siewek do dojrzałości zbiorczej nasion. Ciepła i wilgotna pogoda decyduje w największym stopniu o wystąpieniu i rozwoju chorób grzybowych. Najgroźniejsze choroby rzepaku to: sucha zgnilizna kapustnych, zgnilizna twardzikowa, czerń krzyżowych, szara pleśń oraz zgorzel siewek. Rzadziej i zazwyczaj w mniejszym nasileniu występują: cylindrosporioza, mączniak rzekomy, mączniak prawdziwy, kiła kapusty, biała plamistość liści, werticilioza, ryzoktonioza rzepaku. Na ograniczenie występowania chorób wpływ ma wiele czynników:
- uprawa rzepaku i innych gatunków z rodziny kapustowatych na tym samym polu nie częściej niż co 4 lata,
- izolacja przestrzenna form jarych od ozimych,
- dobór do siewu odmian rzepaku o możliwie wysokiej i trwałej odporności na porażenie przez sprawców chorób,
- niszczenie i zaorywanie ścierni rzepakowych,
- staranna uprawa pól pod zasiew rzepaku,
- wysiew ściśle zalecanych ilości, kwalifikowanych nasion na jednostkę powierzchni,
- zrównoważone nawożenie oraz okresowe wapnowanie gleb,
- zaniechanie pielęgnacji mechanicznej na plantacjach z prawidłowo rozwijającymi się roślinami w celu uniknięcia ich uszkodzenia,
- zwalczanie samosiewów i chwastów roślin z rodziny kapustowatych,
- efektywne zwalczanie szkodników
Sprawcy chorób porażają wszystkie organy rzepaku, które w efekcie osłabienia lub całkowitego zniszczenia wpływają na poziom plonowania. Straty potencjalnego plonu nasion rzepaku powodowane przez poszczególnych sprawców chorób wynoszą od 15 do 20%, a w przypadku epidemicznego wystąpienia sprawcy choroby, szczególnie w latach wilgotnych, mogą sięgnąć nawet 60 %. Do najważniejszych zabiegów ochrony należy zaprawianie materiału siewnego. W praktyce proponuje się trzy terminy zabiegów ochronnych:
- jesienią w fazie 4 – 8 liści właściwych – zwalczenie sprawców suchej zgnilizny, czerni krzyżowych, szarej pleśni oraz cylindrosporiozy,
- wiosną w momencie ruszenia wegetacji opryskując rośliny można ograniczyć te same patogeny,
- w okresie kwitnienia zwalcza się, oprócz wymienionych już sprawców chorób przede wszystkim sprawcę zgnilizny twardzikowej.
Aby uzyskać jak największy, dobrej jakości plon należy stworzyć roślinom optymalne warunki wzrostu i rozwoju poprzez przestrzeganie zasad prawidłowej agrotechniki, właściwe rozpoznanie chorób i zastosowanie odpowiednich fungicydów.

Wacław Biadała doradca z gminy Dobrzyca