Aby poprawić opłacalność ekonomiczną biogazowni stosuje się wiele rozwiązań np. wykorzystuje się odpady jako
W obecnym stanie prawnym problem wynika z kwalifikacji masy pofermentacyjnej, która jest pozostałością poprodukcyjną z produkcji biogazu. Mimo, że z racji użytych substratów, ma ona zazwyczaj właściwości nawozu, jest uznawana za odpad i nie może być przekazywana innym podmiotom do nawożenia pól, chyba że odbywa się to za stosownym pozwoleniem wydawanym przez ministerstwo właściwe ds. rolnictwa, co rodzi biurokratyczną barierę. Bez uzyskania pozwolenia biogazownia może wykorzystać taki nawóz tylko na tych polach, do których ma tytuł prawny. Niedogodnością jest brak możliwości przekazywania przefermentowanej biomasy innym odbiorcom. Rozporządzenie Ministra Środowiska z dnia 21 kwietnia 2006 r. w sprawie listy rodzajów odpadów, które posiadacz odpadów może przekazywać osobom fizycznym lub jednostkom organizacyjnym nie będącymi przedsiębiorcami, oraz dopuszczalnych metod ich odzysku (Dz. U. Nr 75, poz. 527) poza rodzajem odpadu wskazuje również konkretną metodę i proces odzysku odpadu. Jednak aby masę pofermentacyjną można było uznać jako nawóz należy dodać do ww. listy odpadów te charakterystyczne dla produkcji biogazu:
- 19 06 05 - ciecze z beztlenowego rozkładu odpadów zwierzęcych i roślinnych;
- 19 06 06 - przefermentowane odpady z beztlenowego rozkładu odpadów zwierzęcych i roślinnych.