Z roku na rok coraz bardziej popularne staje się stosowanie biologicznych preparatów w produkcji roślin, służących zarówno do zwalczania szkodników jak i poprawy jakości gleby. Producenci warzyw coraz częściej sięgają po tego typu środki, a powody są dwa. Pierwszy to rosnąca odporność patogenów na stosowane środki chemiczne, które nie są wstanie poradzić sobie z zagrożeniami, a ich działanie trzeba wspomóc środkami biologicznymi. Drugi powód to rosnąca świadomość konsumenta, który oczekuje produktów zdrowych, bez pozostałości substancji chemicznych, a stosowanie preparatów pochodzenia biologicznego taką gwarancję daje. Tutaj z pomocą przychodzi też ustawa zatwierdzona w 2014 roku o obowiązku stosowania zintegrowanej ochrony roślin, która polega na wykorzystaniu w walce z organizmami szkodliwymi wszystkich dostępnych metod ochrony, ale w pierwszej kolejności metod biologicznych i fizycznych, a dopiero potem chemicznych. W preparatach biologicznych substancjami czynnymi są wirusy, bakterie i grzyby, a także związki pochodzenia naturalnego np. wyciągi z roślin, alg, olejki i ekstrakty roślinne.
Preparaty biologiczne stosowane w ochronie roślin przed chorobami zawierają najczęściej bakterie lub grzyby, a w insektycydach głównym składnikiem są wirusy. Najważniejszą grupę mikroorganizmów w biologicznej ochronie roślin stanowią jednak bakterie. Biopestycydy na bazie bakterii zdominowały rynek i szacuje się ich udział na 90%. Dominujące znaczenia ma gatunek o nazwie Bacillus thuringiensis. Bakteria ta już w 1938 roku była wykorzystywana do zwalczania szkodliwych owadów na terenie Francji. Obecnie na rynku pojawiają się również preparaty bakteryjne do zwalczania chorób roślin. Wirusy są wykorzystywane do zwalczania szkodliwych owadów i bakterii chorobotwórczych. Znanymi preparatami są te zawierające granulowirusa do zwalczania owocówki jabłkóweczki lub zwójki siatkóweczki.
W Polsce zarejestrowane są dwa preparaty owadobójcze mające w swoim składzie grzyby entomopatogeniczne czyli takie, które wykazują w swym rozwoju właściwości chorobotwórcze lub bezpośrednie zależności troficzne o charakterze pasożytniczym w stosunku do owadów i pajęczaków. Są to preparaty do zwalczania mączlików, wciornastków i przędziorków. Środki biologiczne na bazie grzybów stosuje się również do poprawy jakości gleb i eliminacji patogenów powodujących choroby od glebowe roślin takich jak: Fusarium, Rhizoctonia, Pythium. Stosuję się je jakiś czas przed sadzeniem roślin, aby dobroczynne grzyby miały czas na działanie. Jeśli chodzi o ochronę części nadziemnej roślin, środki biologiczne powinny być stosowane zapobiegawczo, przed zainfekowaniem rośliny, wspomagając jej odporność.
Skuteczność działania biopestycydów w uprawach polowych jest zależna od wielu czynników. Mikroorganizmy zawarte w biopestycydach są wrażliwe na temperaturę, opady, silne nasłonecznienie, w tym promieniowanie UV. Skuteczność preparatów biologicznych jest znacznie wyższa w uprawach pod osłonami, gdzie warunki środowiskowe można kontrolować, wówczas mogą one zastąpić w dużej części ochronę chemiczną. Środki pochodzenia biologicznego można stosować również bezpośrednio na warzywa i owoce przeciwko chorobom przechowalniczym.
Stosując środki biologiczne należy bardzo dokładnie przeczytać etykietę produktu, gdyż skuteczność preparatu zależy w dużej mierze od przestrzegania zawartych w niej zaleceń.
Środki należy przechowywać w niskiej temperaturze, bez dostępu światła, zwracając uwagę na datę ważności.
Niektóre ze środków wymagają przed użyciem wstępnej aktywacji zawartych w nich mikroorganizmów np. poprzez rozmieszanie w wodzie, a ciecz robocza powinna być wykorzystana po odpowiednim czasie od jej sporządzenia.
Nie należy stosować środków biologicznych bezpośrednio przed zastosowaniem środka chemicznego, a zabieg należy wykonywać rano lub wieczorem, aby unikać silnego nasłonecznienia.
Środki biologiczne będą stanowiły coraz większy udział w asortymencie środków ochrony, mimo, że maja mniejszą skuteczność niż środki chemiczne, mogą one stanowić cenne uzupełnienie programu ochrony roślin.