Bezpieczeństwo przechowywania środków ochrony roślin zależne jest od sposobu postępowania z preparatami oraz od odpowiedniej organizacji miejsca przechowywania. Przetrzymywanie pestycydów musi być zgodne z prawem. Nie przestrzeganie przepisów grozi sankcjami.

O właściwym sposobie przechowywania środków ochrony roślin mówi wiele aktów prawnych takich jak: ustawa o środkach ochrony roślin, wydane do niej rozporządzenie oraz zasady wzajemnej zgodności. Akty prawne wspominają o tym, że pestycydy należy przechowywać wyłącznie w oryginalnych opakowaniach, w sposób uniemożliwiający kontakt tych środków z paszą lub żywnością. Preparaty muszą być przechowywane tak, aby nie mogły dostać się w posiadanie osób trzecich i dzieci oraz nie zostały przypadkowo spożyte przez zwierzęta. Przechowywane pestycydy nie mogą również stwarzać zagrożenia dla środowiska naturalnego np.: poprzez skażenie wyciekiem, rozlaniem czy rozsypaniem. Również etykieta danego środka informuje o warunkach przechowywania. We wszystkim najważniejszy jest zdrowy rozsądek i logika.

Jeśli zamierzamy przechowywać środki ochrony roślin to można je umieścić w skrzyni lub szafie zamykanej na klucz. Ważne, aby były one wytworzone z nienasiąkliwego i ognioodpornego materiału oraz posiadały stabilne dno. W pomieszczeniu, w którym będą przechowywane nie powinna znajdować się żywność, pasza ani środki łatwopalne, powinna również być zachowana odpowiednia odległość od źródeł ciepła i ujęć wody. Samo miejsce składowania powinno być odpowiednio oznakowane. Na szafie powinien widnieć napis: „Uwaga środki ochrony roślin”, „Uwaga trucizna”, a na drzwiach do pomieszczenia, w którym znajduje się szafa napis: „Nieupoważnionym wstęp wzbroniony”.